至于吏部，就改动不大了。本来吏部就是朝廷中权利最大的一个部门，但其职责也比较单一，所以吴世恭也就不做太多改动了。
改动比较大的是兵部。吴世恭几乎把兵部一拆为二，很多兵部的职能都划归了五军都督府。而吴世恭就是要确定一个用兵的原则：宣战等事务将由皇帝和内阁决定。可是该如何打？就要各大提督具体指挥了。军事上的事还是将由武将来做。
不过更悲催的是刑部和工部。这两个部将完全撤销，将拆分和新增许多新的部。
吴世恭将把大平朝的司法权完全独立出来，所有的刑事和民事案件都有独立的法庭来判决。而最高的大理寺将由十位大司寇来掌管。不过吴世恭也不会在这个年代搞什么不伦不类的陪审团制，就是采用法官判决制。也暂时不会取消什么刑讯逼供。
当然，新的司法体系也将引入了公诉人和辩护人的制度。因此也就有了检察官和律师的雏形。至于将来司法将如何完善，就依靠后人的智慧吧！
除此之外，大平朝也将有农林部、交通部、工商部等近十个部。而这些衙门的设置，使得大平朝的政策变得相当明显，就是要一心追求经济发展。
值得一提的是，吴世恭将成立单独的驿邮局。以此来方便百姓的通信和出行，并为朝廷增加一些收入。
此外，还有执行警察功能的内务部。秘密工作的山川部等。但是秘密工作只是对外不对内，防止大平朝出现特务政治。
有两个机构要重点介绍：
一是五军都督府：
大平朝的国策当然由皇帝和内阁诸相商议制定，包括军事方面的国策。但是关于军事上的事务。将由皇帝、首辅和五军都督府的十五位提督来决定。
而且大平朝的军队将严格按照《操典》训练军队，把任何战术动作都标准化。为了防止武将的军阀化，各地提督和军官也会定期调动。但是有了接受标准训练的部队，也能防止“兵不知将”的缺陷，能够让新任的军官很快上手指挥部队。
还有一点，如果是和平时期，大平朝的军队将不能在城池中驻扎。而军属就要在城池中生活。如果军队发生叛乱，那内务部的部队将把军属扣为人质；如内务部发生叛乱，没有重型火器的内务部部队也阻挡不住正规军。这也是双向监视。防止有任何兵变的情况发生。
二是御史台：
大平朝将把御史**立出来，以各地方的选举产生御史。而御史将有豁免权，而且也能制定大平朝的法令。而资深御史，能担任地方巡抚或者各部侍郎以上的官员。如果能获得重臣的联合提名。于是甚至能直接入阁。
其实御史台和重臣议政团已经演变成为事实上的上、下两个议会。这两个机构将和大司寇组成的大理寺一起，形成三权分立。
虽然大平朝的君权受到很大的削弱，但是吴世恭也要在文官中形成三股平衡的团体，防止将来有独裁政治的发生。
而在这些天的会议中，很多重要的内容都将在以后，被编入《穹源大典章》中。而大平朝也将在以后把《穹源大典章》中的内容定为国策，一旦要修改或者增删，必先召开大议政会议进行讨论、投票。
这既能不死抱着“祖制”。防止以后这些“祖制”阻碍了社会的发展；也能定下原则，让国政有法可依。实际上。《穹源大典章》就是大平朝的宪法，而大平朝也将向君主立宪制的方向转变了。
而在最后，吴世恭又宣布了《三年治国纲要》。而在这《纲要》中，吴世恭就以首辅的身份，向天下百姓承诺了十二项在三年内要完成的事务；二十一项想要长期完成，但在三年内要有明显进展的事务。
从此以后，大平朝的每届政府都遵循了此惯例，在就任伊始，首辅必代表整个内阁，向天下百姓宣布《治国纲要》。这也是让天下百姓监督政府，让诸相努力执政的一个好办法。